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Como todos los virus de influenza, el virus de influenza porcina cambia constantemente. Los cerdos pueden ser infectados por la influenza aviar, influenza humana, así como varios tipos de influenza porcina. Cuando los virus de influenza de diferentes especies infectan a los cerdos, los virus pueden reagruparse (intercambiar genes) y pueden surgir nuevos virus que son mezclas de influenza aviar, porcina y humana. Actualmente hay cuatro subtipos principales de influenza tipo A que han sido aislados en puercos: H1N1, H1N2, H2N2 y H2N1. Sin embargo, la mayoría de los virus que han sido aislados recientemente en puercos han sido virus H1N1.